为了使微耕机保持最佳性能，新购微耕机必须进行磨合，使用中的微耕机必须进行定期保养与维护。磨合新购的微耕机开始使用时是磨合阶段，油门不能开得太大，发动机必须中速运行，在运转12小时后，趁热机状态卸下发动机曲轴箱的放油螺塞，放出机油，然后再将螺塞拧紧，从注油口加入足量的新机油，同时也更换传动箱的齿轮油。
要维护好微耕机设备，不仅要注意对其的日常维护和保养，还应在平时使用中重点照顾好它的几个重点组成部分。
1、发动机。发动机是微耕机工作时的动力来源。按使用燃油的不同，可分为柴油机和汽油机两大类。
2、变速箱总成。发动机的动力由皮带连接传输到变速箱总成上部的主离合器，通过主离合器输入变速箱，经变速箱的变速传动，再经过驱动轴传给行走轮，从而推动微耕机行走。
3、行走轮。行走轮安装在变速箱总成下部的驱动轴上。发动机的动力经变速箱传给行走轮，推动微耕机工作。在路上行走，可使用道路行走轮。在耕作时，使用耕作行走轮。
4、扶手架。扶手架是微耕机的操纵机构，扶手架上安装有主离合器操作杆、油门手柄、启动开关、转向离合器手柄、扶手架调整螺丝等。
5、 耕作机具。微耕机耕作所常用的耕作机具主要有犁铧总成、钉子耙总成、水田旋耕轮、旱地旋耕刀具、开沟器、阻力棒等，可根据不同的用途，选择适合的耕作机具。